Rośliny, grzyby, porosty
W Mazurskim Parku Krajobrazowym lasy zajmują 28 440 ha, co stanowi ok. 53% jego całkowitej powierzchni. Do najcenniejszych siedlisk leśnych można zaliczyć bory i lasy bagienne, występujące w miejscach wilgotnych i bezodpływowych. Dominuje w nich często sosna zwyczajna, rzadziej świerk pospolity, a w runie – bagno zwyczajne i borówka bagienna. Z tymi siedliskami związana jest także listera sercowata, jeden z kilku chronionych gatunków storczyków występujących w Parku.
Na brzegach tutejszych rzek i strumieni rosną różne podtypy łęgów wierzbowych, topolowych, olszowych i jesionowych, a w szczególności coraz rzadsze w kraju łęgi jesionowe z jesionem wyniosłym. To siedliska leśne o wysokim poziomie wód gruntowych, okresowo zalewane wodami z sąsiadujących cieków. Występuje w nich chroniony storczyk gnieźnik leśny.
Innym cennym siedliskiem w Parku jest bogaty florystycznie grąd subkontynentalny, czyli wielogatunkowy las liściasty, w którym rosną przede wszystkim dęby szypułkowe, lipy drobnolistne, graby czy klony pospolite oraz wiele innych gatunków domieszkowych. W podszycie często pojawia się objęty ochroną wawrzynek wilczełyko. Bogate runo tworzą m.in.: przytulia wonna, gajowiec żółty, fiołek przedziwny, gwiazdnica wielkokwiatowa, kokoryczka wielokwiatowa, kokorycz pełna, zawilec gajowy, przylaszczka pospolita, łuskiewnik różowy i obuwik pospolity.
Widne, prześwietlone lasy, w których dominują dęby, to ciepłolubne dąbrowy. W takich lasach dużo światła słonecznego dociera do dna, ogrzewając je. Występują tu miodownik melisowaty, dzwonecznik wonny i storczyk buławnik czerwony. Są to piękne i efektowne rośliny, objęte ochroną.
Z obszarami leśnymi niewątpliwie związane są grzyby. Na terenie Parku stwierdzono obecność ponad 500 gatunków grzybów wielkoowocnikowych (dostrzegalnych gołym okiem), są wśród nich m.in. objęte ochroną smardze, jadalny oraz stożkowaty, czy ozorek dębowy. Niektóre z występujących tu grzybów mają niezwykle oryginalne barwy i kształty, tak jak np. jasnozłotożółte pięknorogi największe czy fioletowe lakówki ametystowe. Ciekawym gatunkiem grzyba jest też częsty w Parku siedzuń sosnowy.
Pisząc o bioróżnorodności grzybów, nie można pominąć porostów. Są to organizmy zbudowane głównie z komórek grzybów i współpracujących z nimi komórek glonów – przede wszystkim sinic i zielenic. Stanowią one przykład symbiozy, czyli ścisłego współżycia, przynoszącego korzyść każdej ze stron. Dotychczas na obszarze Mazurskiego Parku Krajobrazowego stwierdzono obecność 269 gatunków porostów, 35 spośród nich zostało objętych ochroną (16 gatunków ścisłą i 19 częściową). Ponad 35% gatunków porostów występujących w Parku jest w różnym stopniu zagrożonych wymarciem.
Istotnym elementem krajobrazu Parku są wody powierzchniowe, które łącznie zajmują 15 715 ha, co stanowi ponad 29% jego powierzchni. Wśród siedlisk wodnych na szczególną uwagę zasługują naturalne dystroficzne zbiorniki wodne oraz związane z nimi torfowiska wysokie i przejściowe. Siedliska te występują w Parku niemal nierozłącznie. Są to małe śródleśne jeziorka o niskiej zawartości substancji pokarmowych oraz dużej ilości związków humusowych (związków powstałych w wyniku rozkładu materii organicznej, np. opadłych do wody liści). Z tego względu woda w tych zbiornikach ma barwę od żółtobrązowej do brązowej i kwaśny odczyn (3,0–6,5 pH). Głównym źródłem kwasów humusowych są wody spływające do tych jeziorek bezpośrednio z sąsiadujących z nimi torfowisk.
Torfowiska są specyficznym typem mokradeł. Ich teren jest stale podmokły, a podłoże trudno przepuszczalne. Porasta je słabo zróżnicowana roślinność, ograniczona niejednokrotnie do zaledwie kilku gatunków. Dominują tu mchy tworzące zwartą, grubą warstwę, tzw. mszar. Może on czasami narastać na taflę jeziora, powodując powstanie pływającego dywanu mchów – pła torfowcowego. Niekiedy, pod wpływem silnego wiatru, część pła odrywa się, wytwarzając pływającą wyspę. Na tych torfowiskach występuje chroniona owadożerna rosiczka okrągłolistna oraz wełnianka delikatna i niepozorny lipiennik Loesela.
Na szczególną uwagę zasługuje gatunek związany z torfowiskami wysokimi – chamedafne północna. Jest to roślina sklasyfikowana na Czerwonej liście roślin i grzybów Polski z kategorią CR – krytycznie zagrożona, a w Polskiej czerwonej księdze roślin odnotowana w kategorii EN – zagrożona wyginięciem. Na terenie Parku znajduje się jej największe stanowisko w Polsce (jedno z 12 w naszym kraju). Chamedafne jest uważana za relikt postglacjalny, czyli organizm będący pozostałością okresu lodowcowego. To krzewinka o zimotrwałych liściach i kwiatach zebranych w jednostronnie zwieszające się grona, o białawej koronie i płatkach zrośniętych w kształt beczułki.
Na terenie Parku są też użytki rolne, wśród nich pola, łąki i pastwiska o łącznej powierzchni 8100 ha, zajmujące ponad 15% jego powierzchni całkowitej. Do ciekawych siedlisk z tych obszarów zaliczyć można zmiennowilgotne łąki trzęślicowe. Poziom wód gruntowych przeważnie zmienia się na nich w ciągu całego roku. W okresie lata może nawet dochodzić do przesuszania wierzchnich warstw gleby. Występują tu chronione rośliny: mieczyk dachówkowaty, znany z odmian uprawianych w ogródkach przydomowych kosaciec syberyjski oraz niewielki nasięźrzał pospolity.